カテゴリー: プログラム

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Rstudio Serverの設定で分からなかったことのメモ

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Rstudio ServerをRHEL9環境にインストールした際に悩んだことのメモ

その1: 新規作成プロジェクトでのpythonパスを指定したい

ユーザのホームディレクトリに「.Renviron」というファイルを作って 環境変数 RETICULATE_PYTHON を定義する。

RETICULATE_PYTHON="/usr/local/python3/bin/python"

なお、今回は~/.Renviron ファイルを使ったが、「Managing R with .Rprofile, .Renviron, Rprofile.site, Renviron.site, rsession.conf, and repos.conf」の記述を見ると、いろいろある。

システム全体の設定としては $R_HOME/etc/Renviron がある。

検証環境の場合 /opt/R/4.1.3/lib/R/etc/Renviron にあった

### etc/Renviron.  Generated from Renviron.in by configure.
###
### ${R_HOME}/etc/Renviron
###
### Record R system environment variables.

## As from R 4.0.0 the C code reading this follows the POSIX rules
## for parameter substitution in shells, section 2.6.2 of
## https://pubs.opengroup.org/onlinepubs/9699919799/utilities/V3_chap02.html#tag_18
## In earlier versions ${FOO-bar} was interpreted the same as ${FOO:-bar}

R_PLATFORM=${R_PLATFORM-'x86_64-pc-linux-gnu'}
## Default printer paper size: first record if user set R_PAPERSIZE
R_PAPERSIZE_USER=${R_PAPERSIZE}
R_PAPERSIZE=${R_PAPERSIZE-'letter'}
## Default print command
R_PRINTCMD=${R_PRINTCMD-'/usr/bin/lpr'}
# for Rd2pdf, reference manual
R_RD4PDF=${R_RD4PDF-'times,hyper'}
## used for options("texi2dvi")
R_TEXI2DVICMD=${R_TEXI2DVICMD-${TEXI2DVI-'/usr/bin/texi2dvi'}}
## used by untar(support_old_tars = TRUE) and installing grDevices
R_GZIPCMD=${R_GZIPCMD-'/usr/bin/gzip'}
## Default zip/unzip commands
R_UNZIPCMD=${R_UNZIPCMD-'/usr/bin/unzip'}
R_ZIPCMD=${R_ZIPCMD-'/usr/bin/zip'}
R_BZIPCMD=${R_BZIPCMD-'/usr/bin/bzip2'}
## Default browser
R_BROWSER=${R_BROWSER-'xdg-open'}
## Default editor
EDITOR=${EDITOR-${VISUAL-vi}}
## Default pager
PAGER=${PAGER-'/usr/bin/less'}
## Default PDF viewer
R_PDFVIEWER=${R_PDFVIEWER-''}
## Used by libtool
LN_S='ln -s'
MAKE=${MAKE-'make'}
## Prefer a POSIX-compliant sed on e.g. Solaris
SED=${SED-'/usr/bin/sed'}
## Prefer a tar that can automagically read compressed archives
TAR=${TAR-'/usr/bin/gtar'}

## System and compiler types.
R_SYSTEM_ABI='linux,gcc,gxx,gfortran,gfortran'

## Strip shared objects and static libraries.
R_STRIP_SHARED_LIB=${R_STRIP_SHARED_LIB-'strip --strip-unneeded'}
R_STRIP_STATIC_LIB=${R_STRIP_STATIC_LIB-'strip --strip-debug'}

R_LIBS_USER=${R_LIBS_USER-'~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.1'}
#R_LIBS_USER=${R_LIBS_USER-'~/Library/R//4.1/library'}

### Local Variables: ***
### mode: sh ***
### sh-indentation: 2 ***
### End: ***

しかし、これを直接編集はしてはいけない。

/opt/R/4.1.3/lib/R/etc/Renviron.site というファイルを新規で作成し、 「RETICULATE_PYTHON=”/usr/local/python3/bin/python”」とか書くことで全体適用となる。

これは、/opt/R/4.1.3/lib/R/etc/Renviron の方は、Rのバージョンアップで設定値が変わる可能性があるので、特有の設定はファイルを分離しておく、というものになっている。

その2: アクセスログ

Rstudio ServerのWeb UIから誰がログインしたのか、というログがどこに出るのか？

どうやら、Pro版のみの機能の模様で、 /etc/rstudio/rserver.conf に「server-access-log=1」と設定するようだが、ライセンスがないと、この設定が入っているとRstudio serverが起動しない。

わざとパスワードを間違えたりすると /var/log/secure にログがでるので、/etc/pam.d/rstudio の内容を/etc/pam.d/sshd と同じにすれば、rstudioでログインに成功した場合でも同じようにログイン成功時もログ出力があるかと思ったのですが、出力されず。

・・・ただ、pamtesterコマンドで動作検証してみたところ、rstudioでもsshdでもログイン成功時に出力していない・・・もしかしてsshでログイン成功した時に/var/log/secureに出力しているのはpamd経由ではない？？

rstudioでパスワード間違え

[root@rhel9 rstudio]# pamtester -v rstudio testuser authenticate
pamtester: invoking pam_start(rstudio, testuser, ...)
pamtester: performing operation - authenticate
Password:
pamtester: Authentication failure
[root@rhel9 rstudio]#

/var/log/secureの出力内容

Apr  5 17:50:51 rhel9 unix_chkpwd[41719]: password check failed for user (testuser)
Apr  5 17:50:51 rhel9 pamtester[41717]: pam_unix(rstudio:auth): authentication failure; logname=root uid=0 euid=0 tty= ruser= rhost=  user=testuser

rstudioでパスワード正しく

[root@rhel9 rstudio]# pamtester -v rstudio testuser authenticate
pamtester: invoking pam_start(rstudio, testuser, ...)
pamtester: performing operation - authenticate
Password:
pamtester: successfully authenticated
[root@rhel9 rstudio]#

/var/log/secureへの出力は無い

sshdでパスワード誤り

[root@rhel9 rstudio]# pamtester -v sshd testuser authenticate
pamtester: invoking pam_start(sshd, testuser, ...)
pamtester: performing operation - authenticate
Password:
pamtester: Authentication failure
[root@rhel9 rstudio]#

/var/log/secureへ出力あり

Apr  5 17:51:09 rhel9 unix_chkpwd[41726]: password check failed for user (testuser)
Apr  5 17:51:09 rhel9 pamtester[41724]: pam_unix(sshd:auth): authentication failure; logname=root uid=0 euid=0 tty= ruser= rhost=  user=testuser

sshdでパスワード正しく

[root@rhel9 rstudio]# pamtester -v sshd testuser authenticate
pamtester: invoking pam_start(sshd, testuser, ...)
pamtester: performing operation - authenticate
Password:
pamtester: successfully authenticated
[root@rhel9 rstudio]#

/var/log/secureに出力無し

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Rstudio Serverの動作確認で使ったRとpythonのサンプル

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Rstudio Serverの動作確認で使用したRとpythonのサンプルをメモとして残しておく

Rを実行したマシンのスペック確認

# https://www.karada-good.net/analyticsr/r-330/
#パッケージのインストール
# RHEL9+renv環境だとdevtoolsのインストールで失敗した
install.packages("rlang")
install.packages("devtools")
devtools::install_github("csgillespie/benchmarkme")
#パッケージの読み込み
library("benchmarkme")

#全てのベンチマークを実行:benchmark_stdコマンド
#各ベンチマークの詳細はヘルプを参照
res <- benchmark_std()
#結果をプロット
plot(res)

#CPU情報の取得:get_cpuコマンド
get_cpu()

#使用環境情報の取得:get_platform_infoコマンド
get_platform_info()

#使用中のRの情報を取得:get_r_versionコマンド
get_r_version()


#システム情報に関する全コマンドを実施:get_sys_detailsコマンド
#Sys.info(),get_platform_info(),get_r_version(),get_ram(),get_cpu()
#get_byte_compiler(),get_linear_algebra(),installed.packages(),実行時間のコマン ドを実施
#表示が多いので省略
get_sys_details()

Rでgrid描画のテスト

#http://www.okadajp.org/RWiki/?grid+%E3%83%91%E3%83%83%E3%82%B1%E3%83%BC%E3%82%B8%E4%BA%8B%E5%A7%8B

library(grid)

grid.multipanel(vp=viewport(0.5, 0.5, 0.8, 0.8))  # デモ(1)
grid.plot.and.legend()                            # デモ(2)
grid.plot.and.legend                              # 関数定義

grid.newpage()
#grid.arrows(x = c(0.25, 0.75), y = 0.5)
grid.circle(x=0.5, y=0.5, r=0.5)
grid.frame(name=NULL, gp=gpar(), vp=NULL)
grid.grill(h = seq(0.25, 0.75, 0.25), v = seq(0.25, 0.75, 0.25))

grid.lines(x = c(0.25, 0.75), y = 0.5)
grid.line.to(x=1, y=1)

grid.polygon(x=c(0, 0.5, 1, 0.5), y=c(0.5, 1, 0.5, 0))
grid.rect(x = 0.5, y = 0.5, width = 0.7, height = 0.3)
grid.segments(x0 = 0, y0 = 0, x1 = 0.5, y1 = 0.5)
grid.text(label="abc", x = 0.5, y = 0.5)
grid.text(label="g実験g", x = 0.8, y = 0.5)
grid.xaxis(at = NULL, label = T, main = T, name = NULL)
grid.yaxis(at = NULL, label = T, main = T, name = NULL)

pythonとtensorflow/cudaのサンプル

import tensorflow as tf
import torch
torch.cuda.is_available()

mnist = tf.keras.datasets.mnist

(x_train, y_train),(x_test, y_test) = mnist.load_data()
x_train, x_test = x_train / 255.0, x_test / 255.0

model = tf.keras.models.Sequential([
  tf.keras.layers.Flatten(),
  tf.keras.layers.Dense(512, activation=tf.nn.relu),
  tf.keras.layers.Dropout(0.2),
  tf.keras.layers.Dense(10, activation=tf.nn.softmax)
])
model.compile(optimizer='adam',
              loss='sparse_categorical_crossentropy',
              metrics=['accuracy'])

model.fit(x_train, y_train, epochs=5)
model.evaluate(x_test, y_test)

rstanのサンプル

# http://www.psy.ritsumei.ac.jp/~hoshino/Wsl/

install.packages("rstan")
install.packages("cmdstanr", repos = c("https://mc-stan.org/r-packages/", getOption("repos")))
library(cmdstanr)
install_cmdstan()

# https://estuarine.jp/2018/01/install-rstan/
# https://github.com/stan-dev/rstan/wiki/RStan-Getting-Started-(Japanese)
library(rstan)
options(mc.cores = parallel::detectCores())
rstan_options(auto_write = TRUE)

# 例 1: Eight Schools
schools_dat <- list(J = 8,
                    y = c(28,  8, -3,  7, -1,  1, 18, 12),
                    sigma = c(15, 10, 16, 11,  9, 11, 10, 18))
fit <- stan(file = 'rstan-sample-input.stan', data = schools_dat)
# ↑ の処理は時間がかかる
print(fit)
plot(fit)
pairs(fit, pars = c("mu", "tau", "lp__"))

la <- extract(fit, permuted = TRUE) # arraysのlistを返す
mu <- la$mu

### iterations, chains, parametersの3次元arrayを返す
a <- extract(fit, permuted = FALSE)

### stanfitオブジェクトにS3関数を使う
a2 <- as.array(fit)
m <- as.matrix(fit)
d <- as.data.frame(fit)

上記サンプル用のデータファイル rstan-sample-input.stan

data {
  int<lower=0> J;         // 学校の数
  real y[J];              // 推定されている教育の効果
  real<lower=0> sigma[J]; // 教育の効果の標準誤差
}

parameters {
  real mu;                // 処置の効果（全体平均）
  real<lower=0> tau;      // 処置の効果の標準偏差
  vector[J] eta;          // 学校ごとのスケール前のバラつき
}

transformed parameters {
  vector[J] theta = mu + tau * eta;        // 学校ごとの処置の効果
}

model {
  target += normal_lpdf(eta | 0, 1);       // 事前分布の対数密度
  target += normal_lpdf(y | theta, sigma); // 対数尤度
}

Rでラインを引く

# https://www.library.osaka-u.ac.jp/doc/TA_2014_01.pdf

temperature<-c(22,23,23,24,24,25,25,25,26,26)
coffee<-c(100,103,105,110,118,118,120,122,124,125)
plot(temperature,coffee)

plot(temperature,coffee,
     xlim=c(20,30),
     ylim=c(90,130),
     main=("コーヒーの売れ行き"),
     pch=17
)
prd<-lm(coffee~temperature)
abline(prd)
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Rstudio server上でRを使う時に追加しておいた方がいいRHELパッケージのメモ

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Rstudio serverをRHEL9上で動かす際にR側でいろいろパッケージを追加する際に必要となるパッケージがあったので、そのメモ

まずは基本

「dnf groupinstall “開発ツール”」で開発ツールをインストール

tidyverseに必要だったもの

install.packages(“tidyverse”) でtidyverseを追加しようとしたら前提となるraggのインストールがfontconfigコマンドが無いことで失敗

→ fontconfig-devel

次のエラーがfribidi was not found in the pkg-config search path

→ fribidi-devel
→ libtiff-devel
→ libjpeg-turbo-devel

Rstudioからpythonを使う際に必要だったもの

Rstudio serverでpythonスクリプトを使う際に、追加パッケージを要求されるが、それが必要としているもの

→ libxml2-devel
→ libcurl-devel
→ libpng-devel

投稿日:

PowerShellから直接ssh接続でNetAppにログインして設定情報を取得してCSV化するスクリプト

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先日「NetAppの設定内容をcsvファイルに出力したい」という記事で手動でやる手法について記載した。

最近のWindowsだと直接sshコマンドが実行できるようになっているので、NetApp側に公開鍵を登録して、パスワードなしでアクセスできるように設定した上で、PowerShellスクリプトを実行することで、設定をスクリプト化できないかを実施してみた。

とりあえず全項目とればいいか、と「-showallfields true」設定でやっているが、下記スクリプトはONTAP 9.10.1の場合のもので、バージョンが異なると全部の項目数が変わる可能性があるので、一度手動で「set -privilege admin -rows 0 -units GB -showallfields true ; vserver cifs share show”」を実行し、出力される項目名を確認しておくこと

# タブ区切りのため `t を指定
$count=0
$flag=0
$results=@()

$results=cmd /c ssh.exe -l admin NetAppクラスタ "set -privilege admin -rows 0 -showseparator `t -units GB -showallfields true ; vserver cifs share show" | ForEach-Object {
    $line=$_.split("`t")
    if(($line[0] -eq "vserver") -and ($flag -eq 0)){
        $flag=1
        $titlecount=$count
    }
    if(($flag -eq 1) -and ($count -gt ($titlecount+1))){
        $output = New-Object -TypeName psobject
        $output | Add-Member -MemberType NoteProperty -Name "vserver" -Value $line[0]
        $output | Add-Member -MemberType NoteProperty -Name "share-name" -Value $line[1]
        $output | Add-Member -MemberType NoteProperty -Name "cifs-server" -Value $line[2]
        $output | Add-Member -MemberType NoteProperty -Name "path" -Value $line[3]
        $output | Add-Member -MemberType NoteProperty -Name "share-properties" -Value $line[4]
        $output | Add-Member -MemberType NoteProperty -Name "symlink-properties" -Value $line[5]
        $output | Add-Member -MemberType NoteProperty -Name "file-umask" -Value $line[6]
        $output | Add-Member -MemberType NoteProperty -Name "dir-umask" -Value $line[7]
        $output | Add-Member -MemberType NoteProperty -Name "comment" -Value $line[8]
        $output | Add-Member -MemberType NoteProperty -Name "acl" -Value $line[9]
        $output | Add-Member -MemberType NoteProperty -Name "attribute-cache-ttl" -Value $line[10]
        $output | Add-Member -MemberType NoteProperty -Name "volume" -Value $line[11]
        $output | Add-Member -MemberType NoteProperty -Name "offline-file" -Value $line[12]
        $output | Add-Member -MemberType NoteProperty -Name "vscan-fileop-profile" -Value $line[13]
        $output | Add-Member -MemberType NoteProperty -Name "max-connections-per-share" -Value $line[14]
        $output | Add-Member -MemberType NoteProperty -Name "force-group-for-create" -Value $line[15]
        $output
    }
    $count++
}

$results | Export-Csv test.csv -Encoding UTF8 -NoTypeInformation  -NoClobber

投稿日:

AlmaLinux 8にRStudio serverをインストールしてみる

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AlmaLinux 8環境にRStudio serverをセットアップする必要がある、ということで検証してみた。

Rのインストール

まずはRをインストールする。

「Install R」を参考に作業。

必要なレポジトリとして「CodeReady」と「EPEL」と書かれている。

AlmaLinux/RockyLinuxではCodeReadyは「powertools」であるため「dnf config-manager –enable powertools」を実行してPowerToolsレポジトリを有効化する

# dnf config-manager --enable powertools
#

続いてEPELを有効化するため「dnf install epel-release」を実行する。

# dnf install epel-release
メタデータの期限切れの最終確認: 0:00:21 時間前の 2022年08月05日 17時05分19秒 に実施しました。
依存関係が解決しました。
==============================================================================================================
 パッケージ                   アーキテクチャー       バージョン                  リポジトリー           サイズ
==============================================================================================================
インストール:
 epel-release                 noarch                 8-10.el8                    extras                  22 k

トランザクションの概要
==============================================================================================================
インストール  1 パッケージ

ダウンロードサイズの合計: 22 k
インストール後のサイズ: 32 k
これでよろしいですか? [y/N]: y
＜略＞
インストール済み:
  epel-release-8-10.el8.noarch

完了しました!
#

現在有効になっているレポジトリを確認するため「dnf repolist」を実行

# dnf repolist
repo id                           repo の名前
appstream                         AlmaLinux 8 - AppStream
baseos                            AlmaLinux 8 - BaseOS
epel                              Extra Packages for Enterprise Linux 8 - x86_64
epel-modular                      Extra Packages for Enterprise Linux Modular 8 - x86_64
extras                            AlmaLinux 8 - Extras
powertools                        AlmaLinux 8 - PowerTools
# dnf repolist --all

続いてR本体をインストールする。

まず、インストールできるRバージョンを「https://cran.r-project.org/src/base/R-4/」にアクセスして確認する

バージョン「4.1.3」をインストールする場合は環境変数「R_VERSION」を「4.1.3」と指定して実行する

# export R_VERSION=4.1.3
# curl -O https://cdn.rstudio.com/r/centos-8/pkgs/R-${R_VERSION}-1-1.x86_64.rpm
  % Total    % Received % Xferd  Average Speed   Time    Time     Time  Current
                                 Dload  Upload   Total   Spent    Left  Speed
100 61.6M  100 61.6M    0     0  4741k      0  0:00:13  0:00:13 --:--:-- 3486k
# ls -l R-4.1.3-1-1.x86_64.rpm
-rw-r--r--. 1 root root 64609131  8月  5 17:08 R-4.1.3-1-1.x86_64.rpm
# dnf install R-4.1.3-1-1.x86_64.rpm
メタデータの期限切れの最終確認: 0:02:34 時間前の 2022年08月05日 17時06分28秒 に実施しました。
依存関係が解決しました。
==============================================================================================================
 パッケージ                       Arch            バージョン                      リポジトリー          サイズ
==============================================================================================================
インストール:
 R-4.1.3                          x86_64          1-1                             @commandline           62 M
依存関係のインストール:
 binutils                         x86_64          2.30-113.el8                    baseos                5.8 M
 bzip2-devel                      x86_64          1.0.6-26.el8                    baseos                224 k
 cairo                            x86_64          1.15.12-6.el8                   appstream             718 k
 cpp                              x86_64          8.5.0-10.1.el8_6.alma           appstream              10 M
 dejavu-fonts-common              noarch          2.35-7.el8                      baseos                 73 k
 dejavu-sans-fonts                noarch          2.35-7.el8                      baseos                1.5 M
 fontconfig                       x86_64          2.13.1-4.el8                    baseos                273 k
 fontpackages-filesystem          noarch          1.44-22.el8                     baseos                 16 k
 fribidi                          x86_64          1.0.4-8.el8                     appstream              89 k
 gcc                              x86_64          8.5.0-10.1.el8_6.alma           appstream              23 M
 gcc-c++                          x86_64          8.5.0-10.1.el8_6.alma           appstream              12 M
 gcc-gfortran                     x86_64          8.5.0-10.1.el8_6.alma           appstream              12 M
 glibc-devel                      x86_64          2.28-189.5.el8_6                baseos                 78 k
 glibc-headers                    x86_64          2.28-189.5.el8_6                baseos                482 k
 graphite2                        x86_64          1.3.10-10.el8                   appstream             121 k
 harfbuzz                         x86_64          1.7.5-3.el8                     appstream             295 k
 isl                              x86_64          0.16.1-6.el8                    appstream             841 k
 jbigkit-libs                     x86_64          2.1-14.el8                      appstream              54 k
 kernel-headers                   x86_64          4.18.0-372.16.1.el8_6           baseos                9.3 M
 libICE                           x86_64          1.0.9-15.el8                    appstream              73 k
 libSM                            x86_64          1.2.3-1.el8                     appstream              47 k
 libX11                           x86_64          1.6.8-5.el8                     appstream             610 k
 libX11-common                    noarch          1.6.8-5.el8                     appstream             157 k
 libXau                           x86_64          1.0.9-3.el8                     appstream              37 k
 libXext                          x86_64          1.3.4-1.el8                     appstream              45 k
 libXft                           x86_64          2.3.3-1.el8                     appstream              66 k
 libXmu                           x86_64          1.1.3-1.el8                     appstream              75 k
 libXrender                       x86_64          0.9.10-7.el8                    appstream              33 k
 libXt                            x86_64          1.1.5-12.el8                    appstream             185 k
 libcurl-devel                    x86_64          7.61.1-22.el8_6.3               baseos                833 k
 libdatrie                        x86_64          0.2.9-7.el8                     appstream              33 k
 libgfortran                      x86_64          8.5.0-10.1.el8_6.alma           baseos                643 k
 libicu                           x86_64          60.3-2.el8_1                    baseos                8.8 M
 libicu-devel                     x86_64          60.3-2.el8_1                    baseos                922 k
 libjpeg-turbo                    x86_64          1.5.3-12.el8                    appstream             156 k
 libmpc                           x86_64          1.1.0-9.1.el8                   appstream              60 k
 libpkgconf                       x86_64          1.4.2-1.el8                     baseos                 35 k
 libquadmath                      x86_64          8.5.0-10.1.el8_6.alma           baseos                170 k
 libquadmath-devel                x86_64          8.5.0-10.1.el8_6.alma           appstream              23 k
 libstdc++-devel                  x86_64          8.5.0-10.1.el8_6.alma           appstream             2.0 M
 libthai                          x86_64          0.1.27-2.el8                    appstream             203 k
 libtiff                          x86_64          4.0.9-21.el8                    appstream             187 k
 libxcb                           x86_64          1.13.1-1.el8                    appstream             231 k
 libxcrypt-devel                  x86_64          4.1.1-6.el8                     baseos                 24 k
 make                             x86_64          1:4.2.1-11.el8                  baseos                497 k
 openblas-threads                 x86_64          0.3.15-3.el8                    appstream             4.9 M
 pango                            x86_64          1.42.4-8.el8                    appstream             296 k
 pcre2-devel                      x86_64          10.32-2.el8                     baseos                604 k
 pcre2-utf16                      x86_64          10.32-2.el8                     baseos                228 k
 pcre2-utf32                      x86_64          10.32-2.el8                     baseos                220 k
 pixman                           x86_64          0.38.4-2.el8                    appstream             256 k
 pkgconf                          x86_64          1.4.2-1.el8                     baseos                 38 k
 pkgconf-m4                       noarch          1.4.2-1.el8                     baseos                 17 k
 pkgconf-pkg-config               x86_64          1.4.2-1.el8                     baseos                 15 k
 tcl                              x86_64          1:8.6.8-2.el8                   baseos                1.1 M
 tk                               x86_64          1:8.6.8-1.el8                   appstream             1.6 M
 unzip                            x86_64          6.0-46.el8                      baseos                195 k
 xz-devel                         x86_64          5.2.4-4.el8_6                   baseos                 62 k
 zip                              x86_64          3.0-23.el8                      baseos                270 k
 zlib-devel                       x86_64          1.2.11-18.el8_5                 baseos                 57 k

トランザクションの概要
==============================================================================================================
インストール  61 パッケージ

合計サイズ: 165 M
ダウンロードサイズの合計: 103 M
インストール後のサイズ: 416 M
これでよろしいですか? [y/N]: y
＜略＞
完了しました!
#

R本体が必要としているパッケージ群が追加でインストールされる。

Rは/opt以下にインストールされる

# ls -l /opt
合計 0
drwxr-xr-x. 3 root root 19  8月  5 17:10 R
# ls -l /opt/R/
合計 0
drwxr-xr-x. 5 root root 41  8月  5 17:10 4.1.3
# ls -l /opt/R/4.1.3/
合計 0
drwxr-xr-x. 2 root root 30  8月  5 17:10 bin
drwxr-xr-x. 4 root root 32  8月  5 17:10 lib
drwxr-xr-x. 3 root root 17  8月  5 17:10 share
# du -ks /opt/R/
157716  /opt/R/
#

/opt/R/bin/ は標準的なパスに入っていないので、標準的なパスである /usr/local/bin 以下にRを配置する。

# sudo ln -s /opt/R/${R_VERSION}/bin/R /usr/local/bin/R
# sudo ln -s /opt/R/${R_VERSION}/bin/Rscript /usr/local/bin/Rscript
# which R
/usr/local/bin/R
# R --version
R version 4.1.3 (2022-03-10) -- "One Push-Up"
Copyright (C) 2022 The R Foundation for Statistical Computing
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)

R is free software and comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY.
You are welcome to redistribute it under the terms of the
GNU General Public License versions 2 or 3.
For more information about these matters see
https://www.gnu.org/licenses/.

#

Rstudio serverのインストール

Download RStudio Server for Red Hat/CentOS の手順に従い、rpmファイルをダウンロードし、インストールする。

# curl -O https://download2.rstudio.org/server/rhel8/x86_64/rstudio-server-rhel-2022.07.1-554-x86_64.rpm
  % Total    % Received % Xferd  Average Speed   Time    Time     Time  Current
                                 Dload  Upload   Total   Spent    Left  Speed
100 73.7M  100 73.7M    0     0  4257k      0  0:00:17  0:00:17 --:--:-- 7049k
# ls -l rstudio-server-rhel-2022.07.1-554-x86_64.rpm
-rw-r--r--. 1 root root 77282076  8月  5 17:16 rstudio-server-rhel-2022.07.1-554-x86_64.rpm
# dnf install rstudio-server-rhel-2022.07.1-554-x86_64.rpm
メタデータの期限切れの最終確認: 0:11:33 時間前の 2022年08月05日 17時06分28秒 に実施しました。
依存関係が解決しました。
==============================================================================================================
 パッケージ                  アーキテクチャー    バージョン                   リポジトリー              サイズ
==============================================================================================================
インストール:
 rstudio-server              x86_64              2022.07.1+554-1              @commandline               74 M
依存関係のインストール:
 libpq                       x86_64              13.5-1.el8                   appstream                 197 k
 sqlite                      x86_64              3.26.0-15.el8                baseos                    667 k

トランザクションの概要
==============================================================================================================
インストール  3 パッケージ

合計サイズ: 75 M
ダウンロードサイズの合計: 864 k
インストール後のサイズ: 346 M
これでよろしいですか? [y/N]: y
＜略＞
Created symlink /etc/systemd/system/multi-user.target.wants/rstudio-server.service → /usr/lib/systemd/system/rstudio-server.service.
● rstudio-server.service - RStudio Server
   Loaded: loaded (/usr/lib/systemd/system/rstudio-server.service; enabled; vendor preset: disabled)
   Active: active (running) since Fri 2022-08-05 17:19:06 JST; 1s ago
  Process: 29307 ExecStart=/usr/lib/rstudio-server/bin/rserver (code=exited, status=0/SUCCESS)
 Main PID: 29308 (rserver)
    Tasks: 4 (limit: 49426)
   Memory: 2.4M
   CGroup: /system.slice/rstudio-server.service
           mq29308 /usr/lib/rstudio-server/bin/rserver

 8月 05 17:19:06 rserver.adosakana.local systemd[1]: Starting RStudio Server...
 8月 05 17:19:06 rserver.adosakana.local systemd[1]: Started RStudio Server.

  検証             : sqlite-3.26.0-15.el8.x86_64                                                          1/3
  検証             : libpq-13.5-1.el8.x86_64                                                              2/3
  検証             : rstudio-server-2022.07.1+554-1.x86_64                                                3/3

インストール済み:
  libpq-13.5-1.el8.x86_64       rstudio-server-2022.07.1+554-1.x86_64       sqlite-3.26.0-15.el8.x86_64

完了しました!
#

インストールするとrstudio-serverがsystemdに登録され、起動している。

firewalldへの設定

rstudio-server の標準設定では port 8787 となっている。

これをfirewalldに登録して外部からアクセスできるようにする。

# firewall-cmd --permanent --add-port=8787/tcp
success
# firewall-cmd --reload
success
# firewall-cmd --list-all
public (active)
  target: default
  icmp-block-inversion: no
  interfaces: ens192
  sources:
  services: cockpit dhcpv6-client ssh
  ports: 8787/tcp
  protocols:
  forward: no
  masquerade: no
  forward-ports:
  source-ports:
  icmp-blocks:
  rich rules:
#

設定後にブラウザからアクセスすると下記の様な表示が確認出来る

Rstudio Serverを使う為のSELinux設定

Rstudio Serverは一般ユーザのアカウントでログインして使用するため、SELinux側の設定を調整しないとログインもできない。

SELinuxのポリシーをそれなりに設定しようとするのであればaudit2allowコマンドとSELinuxのteファイルをppファイルにコンパイルできる環境が必要になる。

そのためには「policycoreutils-python-utils」と「selinux-policy-devel」パッケージを追加する

# dnf install policycoreutils-python-utils selinux-policy-devel

で・・・具体的にはログインを繰り返して、/var/log/audit/audit.log の出力を確認しつつ、許可する要素を増やしていく形となる

まずは「ausearch -m AVC |grep “denied”」を実行して、SELinuxで拒否されているものを確認する。

# ausearch -m AVC |grep "denied"
type=AVC msg=audit(1659948002.217:181): avc:  denied  { setpgid } for  pid=48278 comm="rserver" scontext=system_u:system_r:init_t:s0 tcontext=system_u:system_r:init_t:s0 tclass=process permissive=0
type=AVC msg=audit(1659948020.309:182): avc:  denied  { setpgid } for  pid=48279 comm="rserver" scontext=system_u:system_r:init_t:s0 tcontext=system_u:system_r:init_t:s0 tclass=process permissive=0
type=AVC msg=audit(1659948380.864:88): avc:  denied  { setpgid } for  pid=5723 comm="rserver" scontext=system_u:system_r:init_t:s0 tcontext=system_u:system_r:init_t:s0 tclass=process permissive=1
type=AVC msg=audit(1659948381.339:89): avc:  denied  { setpgid } for  pid=5723 comm="rsession" scontext=system_u:system_r:init_t:s0 tcontext=system_u:system_r:init_t:s0 tclass=process permissive=1
type=AVC msg=audit(1659950719.013:139): avc:  denied  { setpgid } for  pid=6574 comm="rsession" scontext=system_u:system_r:init_t:s0 tcontext=system_u:system_r:init_t:s0 tclass=process permissive=1
type=AVC msg=audit(1659950719.419:140): avc:  denied  { name_connect } for  pid=6574 comm="R" dest=443 scontext=system_u:system_r:init_t:s0 tcontext=system_u:object_r:http_port_t:s0 tclass=tcp_socket permissive=1
type=AVC msg=audit(1659950783.684:141): avc:  denied  { write open } for  pid=5723 comm="rsession" path="/home/osakanataro/sample.R" dev="dm-2" ino=148 scontext=system_u:system_r:init_t:s0 tcontext=system_u:object_r:user_home_t:s0 tclass=file permissive=1
type=AVC msg=audit(1659950783.684:141): avc:  denied  { create } for  pid=5723 comm="rsession" name="sample.R" scontext=system_u:system_r:init_t:s0 tcontext=system_u:object_r:user_home_t:s0 tclass=file permissive=1
type=AVC msg=audit(1659950783.684:142): avc:  denied  { read } for  pid=5723 comm="rsession" name="sample.R" dev="dm-2" ino=148 scontext=system_u:system_r:init_t:s0 tcontext=system_u:object_r:user_home_t:s0 tclass=file permissive=1
type=AVC msg=audit(1660013043.066:93): avc:  denied  { setpgid } for  pid=1774 comm="rserver" scontext=system_u:system_r:init_t:s0 tcontext=system_u:system_r:init_t:s0 tclass=process permissive=0
type=AVC msg=audit(1660014586.546:175): avc:  denied  { rename } for  pid=2783 comm="rsession" name="sample.R" dev="dm-2" ino=148 scontext=system_u:system_r:init_t:s0 tcontext=system_u:object_r:user_home_t:s0 tclass=file permissive=0
type=AVC msg=audit(1660014641.065:176): avc:  denied  { rmdir } for  pid=2783 comm="rsession" name="test" dev="dm-2" ino=134217876 scontext=system_u:system_r:init_t:s0 tcontext=system_u:object_r:user_home_t:s0 tclass=dir permissive=0
type=AVC msg=audit(1660017628.367:179): avc:  denied  { rename } for  pid=2783 comm="rsession" name="Untitled" dev="dm-2" ino=159 scontext=system_u:system_r:init_t:s0 tcontext=system_u:object_r:user_home_t:s0 tclass=file permissive=0
type=AVC msg=audit(1660018249.703:187): avc:  denied  { rename } for  pid=2783 comm="rsession" name="test" dev="dm-2" ino=134217876 scontext=system_u:system_r:init_t:s0 tcontext=system_u:object_r:user_home_t:s0 tclass=dir permissive=0
type=AVC msg=audit(1660019006.786:116): avc:  denied  { reparent } for  pid=1809 comm="rsession" name="test2" dev="dm-2" ino=159 scontext=system_u:system_r:init_t:s0 tcontext=system_u:object_r:user_home_t:s0 tclass=dir permissive=0
type=AVC msg=audit(1660028279.975:127): avc:  denied  { map } for  pid=1978 comm="rsession" path="/home/osakanataro/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.1/digest/libs/digest.so" dev="dm-2" ino=177 scontext=system_u:system_r:init_t:s0 tcontext=system_u:object_r:user_home_t:s0 tclass=file permissive=0
type=AVC msg=audit(1660028329.771:128): avc:  denied  { map } for  pid=1978 comm="rsession" path="/home/osakanataro/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.1/digest/libs/digest.so" dev="dm-2" ino=177 scontext=system_u:system_r:init_t:s0 tcontext=system_u:object_r:user_home_t:s0 tclass=file permissive=0
type=AVC msg=audit(1660028356.760:129): avc:  denied  { map } for  pid=1978 comm="rsession" path="/home/osakanataro/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.1/digest/libs/digest.so" dev="dm-2" ino=177 scontext=system_u:system_r:init_t:s0 tcontext=system_u:object_r:user_home_t:s0 tclass=file permissive=0
type=AVC msg=audit(1660028659.078:132): avc:  denied  { execute } for  pid=1978 comm="rsession" path="/home/osakanataro/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.1/digest/libs/digest.so" dev="dm-2" ino=177 scontext=system_u:system_r:init_t:s0 tcontext=system_u:object_r:user_home_t:s0 tclass=file permissive=0
type=AVC msg=audit(1660028775.153:135): avc:  denied  { append } for  pid=21355 comm="R" name="sample.spin.R" dev="dm-2" ino=10541 scontext=system_u:system_r:init_t:s0 tcontext=system_u:object_r:user_home_t:s0 tclass=file permissive=0
type=AVC msg=audit(1660028911.809:138): avc:  denied  { setattr } for  pid=21400 comm="R" name="sample.spin.R" dev="dm-2" ino=10541 scontext=system_u:system_r:init_t:s0 tcontext=system_u:object_r:user_home_t:s0 tclass=file permissive=0
type=AVC msg=audit(1660029171.607:143): avc:  denied  { name_connect } for  pid=1365 comm="rserver" dest=6687 scontext=system_u:system_r:init_t:s0 tcontext=system_u:object_r:unreserved_port_t:s0 tclass=tcp_socket permissive=0
type=AVC msg=audit(1660029171.607:144): avc:  denied  { name_connect } for  pid=1365 comm="rserver" dest=6687 scontext=system_u:system_r:init_t:s0 tcontext=system_u:object_r:unreserved_port_t:s0 tclass=tcp_socket permissive=0
type=AVC msg=audit(1660029171.630:145): avc:  denied  { read write } for  pid=1978 comm="rsession" name="ptmx" dev="devtmpfs" ino=1120 scontext=system_u:system_r:init_t:s0 tcontext=system_u:object_r:ptmx_t:s0 tclass=chr_file permissive=0
type=AVC msg=audit(1660029288.326:148): avc:  denied  { open } for  pid=1978 comm="rsession" path="/dev/ptmx" dev="devtmpfs" ino=1120 scontext=system_u:system_r:init_t:s0 tcontext=system_u:object_r:ptmx_t:s0 tclass=chr_file permissive=0
type=AVC msg=audit(1660029372.850:151): avc:  denied  { ioctl } for  pid=1978 comm="rsession" path="/dev/ptmx" dev="devtmpfs" ino=1120 ioctlcmd=0x5401 scontext=system_u:system_r:init_t:s0 tcontext=system_u:object_r:ptmx_t:s0 tclass=chr_file permissive=0
type=AVC msg=audit(1660029433.944:154): avc:  denied  { open } for  pid=1978 comm="rsession" path="/dev/pts/2" dev="devpts" ino=5 scontext=system_u:system_r:init_t:s0 tcontext=system_u:object_r:devpts_t:s0 tclass=chr_file permissive=0
type=AVC msg=audit(1660029433.944:155): avc:  denied  { open } for  pid=1978 comm="rsession" path="/dev/pts/2" dev="devpts" ino=5 scontext=system_u:system_r:init_t:s0 tcontext=system_u:object_r:devpts_t:s0 tclass=chr_file permissive=0
type=AVC msg=audit(1660029551.674:158): avc:  denied  { execmem } for  pid=21641 comm="deno" scontext=system_u:system_r:init_t:s0 tcontext=system_u:system_r:init_t:s0 tclass=process permissive=0
type=AVC msg=audit(1660029594.331:162): avc:  denied  { execmem } for  pid=21664 comm="deno" scontext=system_u:system_r:init_t:s0 tcontext=system_u:system_r:init_t:s0 tclass=process permissive=0
type=AVC msg=audit(1660029676.859:168): avc:  denied  { link } for  pid=21714 comm="rsession" name=".rstudio-lock-41c29-rserver.adosakana.local-21714-7f2b6802e980" dev="dm-2" ino=17682 scontext=system_u:system_r:init_t:s0 tcontext=system_u:object_r:user_home_t:s0 tclass=file permissive=0
#

特に問題ないようであれば、これをSELinux用のモジュールとする。

# ausearch -m AVC |grep "denied" | audit2allow -M rstudio
******************** 重要 ***********************
このポリシーパッケージを有効にするには、以下を実行して下さい:

semodule -i rstudio.pp

#

このコマンド実行によりrstudio.te というテキストファイルと、rstudio.pp というバイナリファイルが出力される。rstudio.te は下記のような内容となっている。

# cat rstudio.te

module rstudio 1.0;

require {
        type devpts_t;
        type init_t;
        type http_port_t;
        type ptmx_t;
        type user_home_t;
        type unreserved_port_t;
        class process { execmem setpgid };
        class tcp_socket name_connect;
        class file { append create execute link map open read rename setattr write };
        class dir { rename reparent rmdir };
        class chr_file { ioctl open read write };
}

#============= init_t ==============

#!!!! This avc is allowed in the current policy
allow init_t devpts_t:chr_file open;

#!!!! This avc is allowed in the current policy
allow init_t http_port_t:tcp_socket name_connect;

#!!!! This avc is allowed in the current policy
#!!!! This av rule may have been overridden by an extended permission av rule
allow init_t ptmx_t:chr_file { ioctl open read write };

#!!!! This avc is allowed in the current policy
allow init_t self:process { execmem setpgid };

#!!!! This avc is allowed in the current policy
allow init_t unreserved_port_t:tcp_socket name_connect;

#!!!! This avc is allowed in the current policy
allow init_t user_home_t:dir { rename reparent rmdir };
allow init_t user_home_t:file link;

#!!!! This avc is allowed in the current policy
allow init_t user_home_t:file { append create execute map open read rename setattr write };
#

作成されたモジュールを読み込み、モジュール一覧に表示されることを確認する。

# semodule -l | grep rstu
# semodule -i rstudio.pp
# semodule -l | grep rstu
rstudio
#

これで一通りは動作すると思われる

確認した内容
・ファイルの新規作成、削除、リネーム、移動
・ディレクトリの新規作成、削除、リネーム、移動
・Comnpile Reportでのレポート出力
・cranパッケージを各ユーザディレクトリにインストールすること
・rstudio上でのshellコマンド実行
・rstudio上でのgitによるバージョン管理(別途 dnf install git でインストールしておくこと)

SELinuxのteファイルをppファイルにする

以下のteファイルをppにします。

# ls
rstudio.te
# cat rstudio.te

module rstudio 1.1;

require {
        type devpts_t;
        type init_t;
        type http_port_t;
        type ptmx_t;
        type user_home_t;
        type unreserved_port_t;
        class process { execmem setpgid };
        class tcp_socket name_connect;
        class file { append create execute link map open read rename setattr write };
        class dir { rename reparent rmdir };
        class chr_file { ioctl open read write };
}

#============= init_t ==============

#!!!! This avc is allowed in the current policy
allow init_t devpts_t:chr_file open;

#!!!! This avc is allowed in the current policy
allow init_t http_port_t:tcp_socket name_connect;

#!!!! This avc is allowed in the current policy
#!!!! This av rule may have been overridden by an extended permission av rule
allow init_t ptmx_t:chr_file { ioctl open read write };

#!!!! This avc is allowed in the current policy
allow init_t self:process { execmem setpgid };

#!!!! This avc is allowed in the current policy
allow init_t unreserved_port_t:tcp_socket name_connect;

#!!!! This avc is allowed in the current policy
allow init_t user_home_t:dir { rename reparent rmdir };
allow init_t user_home_t:file link;

#!!!! This avc is allowed in the current policy
allow init_t user_home_t:file { append create execute map open read rename setattr write };
#

teファイルがある場所で「make -f /usr/share/selinux/devel/Makefile」を実行すると、ppファイルが出力されます。

# make -f /usr/share/selinux/devel/
Makefile    example.if  html/       policy.dtd
example.fc  example.te  include/    policy.xml
# make -f /usr/share/selinux/devel/Makefile
Compiling targeted rstudio module
Creating targeted rstudio.pp policy package
rm tmp/rstudio.mod tmp/rstudio.mod.fc
# ls -l
合計 20
-rw-r--r--. 1 root root    0  8月  9 17:55 rstudio.fc
-rw-r--r--. 1 root root   23  8月  9 17:55 rstudio.if
-rw-r--r--. 1 root root 8589  8月  9 17:55 rstudio.pp
-rw-r--r--. 1 root root 1258  8月  9 17:54 rstudio.te
drwxr-xr-x. 2 root root   70  8月  9 17:55 tmp
#

こうしてできたppファイルを「semodule -i rstudio.pp」で読み込みます。

アレな実験

検証用ということで借りたサーバ実機がRHEL8でインストールされていたが、登録とくにされておらず、CodeReadyレポジトリなどが使えない状態となっていた。

なんかごまかせるかなーというのをチャレンジ

その1: BaseOSとAppStreamはISOファイルから取得する

BaseOSとAppStreamはrhel-8.6-x86_64-dvd.iso に含まれているため適当なディレクトリに置いてそれをレポジトリとする

参考URL:Oracle® Linux 8 Oracle Linuxでのソフトウェアの管理 1.8 ISOイメージを使用したローカルYumリポジトリの作成

ISOファイルを /var/isos/rhel-8.6-x86_64-dvd.iso に置いて、マウントポイントを /isos/rhel86 とし、/etc/fstabに下記を追加する

/var/isos/rhel-8.6-x86_64-dvd.iso       /isos/rhel86    iso9660 loop,ro 0 0

これでマウントすると下記の様になる。

# mount -a
# df -h
ファイルシス          サイズ  使用  残り 使用% マウント位置
devtmpfs                3.8G     0  3.8G    0% /dev
tmpfs                   3.8G     0  3.8G    0% /dev/shm
tmpfs                   3.8G  8.7M  3.8G    1% /run
tmpfs                   3.8G     0  3.8G    0% /sys/fs/cgroup
/dev/mapper/rhel-root    70G   14G   57G   20% /
/dev/sda2              1014M  206M  809M   21% /boot
/dev/sda1               599M  5.9M  594M    1% /boot/efi
/dev/mapper/rhel-home    41G  322M   41G    1% /home
tmpfs                   777M     0  777M    0% /run/user/0
/dev/loop0               11G   11G     0  100% /isos/rhel86
#

これをレポジトリとして登録するために /etc/yum.repos.d/media.repo として下記を作成する。

[media-baseos]
name=media-baseos
baseurl=file:///isos/rhel86/BaseOS/
gpgcheck=1
enabled=1

[media-appstream]
name=media-appstream
baseurl=file:///isos/rhel86/AppStream/
gpgcheck=0
enabled=1

(手動で入力することを想定しているため、入力が面倒くさい gpgkeyに関する記述を省略している)

その2: EPELとCodeReadyはAlmaLinuxから持ってくる

RHEL8からは持って来れないので、AlmaLinuxかRockyLinuxから持ってくる

今回は社内テストをAlmaLinuxで行っていたため、そこで登録されているレポジトリ設定を流用した。

また、RHEL側は8.6で固定したいので、 /etc/yum/vars/releasever を作成し、8.6 で固定する設定とした。

# cat /etc/yum/vars/releasever
8.6
#

EPELの内容 /etc/yum.repos.d/epel.repo

# cat /etc/yum.repos.d/epel.repo
[epel]
name=Extra Packages for Enterprise Linux 8 - $basearch
# It is much more secure to use the metalink, but if you wish to use a local mirror
# place its address here.
#baseurl=https://download.example/pub/epel/8/Everything/$basearch
metalink=https://mirrors.fedoraproject.org/metalink?repo=epel-8&arch=$basearch&infra=$infra&content=$contentdir
enabled=1
gpgcheck=0
countme=1
gpgkey=file:///etc/pki/rpm-gpg/RPM-GPG-KEY-EPEL-8
#

powertoolsの設定 /etc/yum.repos.d/powertools.repo

# cat /etc/yum.repos.d/powertools.repo
[powertools]
name=AlmaLinux $releasever - PowerTools
#mirrorlist=https://mirrors.almalinux.org/mirrorlist/$releasever/powertools
baseurl=https://repo.almalinux.org/almalinux/$releasever/PowerTools/$basearch/os/
enabled=1
gpgcheck=0
countme=1
gpgkey=file:///etc/pki/rpm-gpg/RPM-GPG-KEY-AlmaLinux
#

なお、今後8.7が出た場合でも8.6固定を維持したい場合は https://repo.almalinux.org/almalinux/を https://repo.almalinux.org/vault/ に書き換える。

とりあえず、これで、目的はひとまず達成できた。