Rstudio ServerをRHEL9環境にインストールした際に悩んだことのメモ
その1: 新規作成プロジェクトでのpythonパスを指定したい
ユーザのホームディレクトリに「.Renviron」というファイルを作って 環境変数 RETICULATE_PYTHON を定義する。
RETICULATE_PYTHON="/usr/local/python3/bin/python"
なお、今回は~/.Renviron ファイルを使ったが、「Managing R with .Rprofile, .Renviron, Rprofile.site, Renviron.site, rsession.conf, and repos.conf」の記述を見ると、いろいろある。
システム全体の設定としては $R_HOME/etc/Renviron がある。
検証環境の場合 /opt/R/4.1.3/lib/R/etc/Renviron にあった
### etc/Renviron. Generated from Renviron.in by configure.
###
### ${R_HOME}/etc/Renviron
###
### Record R system environment variables.
## As from R 4.0.0 the C code reading this follows the POSIX rules
## for parameter substitution in shells, section 2.6.2 of
## https://pubs.opengroup.org/onlinepubs/9699919799/utilities/V3_chap02.html#tag_18
## In earlier versions ${FOO-bar} was interpreted the same as ${FOO:-bar}
R_PLATFORM=${R_PLATFORM-'x86_64-pc-linux-gnu'}
## Default printer paper size: first record if user set R_PAPERSIZE
R_PAPERSIZE_USER=${R_PAPERSIZE}
R_PAPERSIZE=${R_PAPERSIZE-'letter'}
## Default print command
R_PRINTCMD=${R_PRINTCMD-'/usr/bin/lpr'}
# for Rd2pdf, reference manual
R_RD4PDF=${R_RD4PDF-'times,hyper'}
## used for options("texi2dvi")
R_TEXI2DVICMD=${R_TEXI2DVICMD-${TEXI2DVI-'/usr/bin/texi2dvi'}}
## used by untar(support_old_tars = TRUE) and installing grDevices
R_GZIPCMD=${R_GZIPCMD-'/usr/bin/gzip'}
## Default zip/unzip commands
R_UNZIPCMD=${R_UNZIPCMD-'/usr/bin/unzip'}
R_ZIPCMD=${R_ZIPCMD-'/usr/bin/zip'}
R_BZIPCMD=${R_BZIPCMD-'/usr/bin/bzip2'}
## Default browser
R_BROWSER=${R_BROWSER-'xdg-open'}
## Default editor
EDITOR=${EDITOR-${VISUAL-vi}}
## Default pager
PAGER=${PAGER-'/usr/bin/less'}
## Default PDF viewer
R_PDFVIEWER=${R_PDFVIEWER-''}
## Used by libtool
LN_S='ln -s'
MAKE=${MAKE-'make'}
## Prefer a POSIX-compliant sed on e.g. Solaris
SED=${SED-'/usr/bin/sed'}
## Prefer a tar that can automagically read compressed archives
TAR=${TAR-'/usr/bin/gtar'}
## System and compiler types.
R_SYSTEM_ABI='linux,gcc,gxx,gfortran,gfortran'
## Strip shared objects and static libraries.
R_STRIP_SHARED_LIB=${R_STRIP_SHARED_LIB-'strip --strip-unneeded'}
R_STRIP_STATIC_LIB=${R_STRIP_STATIC_LIB-'strip --strip-debug'}
R_LIBS_USER=${R_LIBS_USER-'~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.1'}
#R_LIBS_USER=${R_LIBS_USER-'~/Library/R//4.1/library'}
### Local Variables: ***
### mode: sh ***
### sh-indentation: 2 ***
### End: ***
しかし、これを直接編集はしてはいけない。
/opt/R/4.1.3/lib/R/etc/Renviron.site というファイルを新規で作成し、 「RETICULATE_PYTHON=”/usr/local/python3/bin/python”」とか書くことで全体適用となる。
これは、/opt/R/4.1.3/lib/R/etc/Renviron の方は、Rのバージョンアップで設定値が変わる可能性があるので、特有の設定はファイルを分離しておく、というものになっている。
その2: アクセスログ
Rstudio ServerのWeb UIから誰がログインしたのか、というログがどこに出るのか？
どうやら、Pro版のみの機能の模様で、 /etc/rstudio/rserver.conf に「server-access-log=1」と設定するようだが、ライセンスがないと、この設定が入っているとRstudio serverが起動しない。
わざとパスワードを間違えたりすると /var/log/secure にログがでるので、/etc/pam.d/rstudio の内容を/etc/pam.d/sshd と同じにすれば、rstudioでログインに成功した場合でも同じようにログイン成功時もログ出力があるかと思ったのですが、出力されず。
・・・ただ、pamtesterコマンドで動作検証してみたところ、rstudioでもsshdでもログイン成功時に出力していない・・・もしかしてsshでログイン成功した時に/var/log/secureに出力しているのはpamd経由ではない？？
rstudioでパスワード間違え
[root@rhel9 rstudio]# pamtester -v rstudio testuser authenticate
pamtester: invoking pam_start(rstudio, testuser, ...)
pamtester: performing operation - authenticate
Password:
pamtester: Authentication failure
[root@rhel9 rstudio]#
/var/log/secureの出力内容
Apr 5 17:50:51 rhel9 unix_chkpwd[41719]: password check failed for user (testuser)
Apr 5 17:50:51 rhel9 pamtester[41717]: pam_unix(rstudio:auth): authentication failure; logname=root uid=0 euid=0 tty= ruser= rhost= user=testuser
rstudioでパスワード正しく
[root@rhel9 rstudio]# pamtester -v rstudio testuser authenticate
pamtester: invoking pam_start(rstudio, testuser, ...)
pamtester: performing operation - authenticate
Password:
pamtester: successfully authenticated
[root@rhel9 rstudio]#
/var/log/secureへの出力は無い
sshdでパスワード誤り
[root@rhel9 rstudio]# pamtester -v sshd testuser authenticate
pamtester: invoking pam_start(sshd, testuser, ...)
pamtester: performing operation - authenticate
Password:
pamtester: Authentication failure
[root@rhel9 rstudio]#
/var/log/secureへ出力あり
Apr 5 17:51:09 rhel9 unix_chkpwd[41726]: password check failed for user (testuser)
Apr 5 17:51:09 rhel9 pamtester[41724]: pam_unix(sshd:auth): authentication failure; logname=root uid=0 euid=0 tty= ruser= rhost= user=testuser
sshdでパスワード正しく
[root@rhel9 rstudio]# pamtester -v sshd testuser authenticate
pamtester: invoking pam_start(sshd, testuser, ...)
pamtester: performing operation - authenticate
Password:
pamtester: successfully authenticated
[root@rhel9 rstudio]#
/var/log/secureに出力無し